Усть-Ленский заповедник расположен в дельте реки Лены и на западном склоне северной оконечности хребта Хараулах, на территории Булунского района Республики Саха (Якутии).
Приблизительно за 150 км до моря Лаптевых взору открывается захватывающая дух картина бескрайних водных просторов, рукавов и проток. Общая площадь устья реки Лены — второго по величине в мире после дельты реки Миссисипи — составляет 45 000 км².